Животный мир
Выявленная фауна охраняемого комплекса насчитывает 2829 видов. Из класса паукообразных зарегистрированы представители 5 отрядов: лжескорпионы, сенокосцы, пауки, паразитиформные и акариформные клещи. Наиболее изученными являются пауки (253 вида) и сенокосцы (5 видов). Из паразитиформных клещей широко распространён и многочислен таёжный клещ (Ixodes persulcatus P. Schul.).
Список определённых насекомых охраняемого комплекса к настоящему времени включает 2328 видов, относящихся к 16 отрядам. Наиболее полной изученностью характеризуются жесткокрылые (845 видов) и чешуекрылые (600 видов).
Довольно полно выявлен видовой состав цикадовых (104 вида), тлей (117 видов) и клопов (94 вида) из отряда полужесткокрылых. Подёнки, стрекозы, веснянки, ручейники, двукрылые, перепончатокрылые изучены недостаточно.
Прочие отряды (коллемболы, двухвостки, прямокрылые, скорпионницы, вислокрылки, сетчатокрылые и др.) изучены довольно слабо и представлены в списке небольшим числом видов. Совершенно неизученными остаются многочисленные паразитические формы, экологические группы галлообразователей и др.
Фауна беспозвоночных животных вполне отражает зоогеографические особенности Урала. По имеющимся данным можно сказать, что её ядро образуют типичные для таёжной зоны бореальные виды с широким типом ареала: голарктические, транспалеарктические и европейско-сибирские. Ряд европейских видов находятся здесь на крайней восточной границе своего распространения. К ним относятся: жужелицы олистопус округлённый и бегунчик Маннергейма, жуки-рогачики синий и скромный, вонючая или рябая олёнка, обыкновенный светлячок, 23 вида бабочек, среди которых чернушка эвриала, краеглазка эгерия, неморальная серпокрылая моль и др. На территории заповедника расположены западные границы ареалов жужелицы ребристой и жужелицы небрии субдилатата.
Из эндемиков Урала и Предуралья обнаружены дождевые черви Perelia diplotetrateca и Perelia tuberosa, костянка хинобиус уральский и жужелица уренгайский птеростих, который встречается повсеместно и является обычным видом.
В заповеднике найдены отдельные виды жуков с прерванными ареалами, к ним, в частности, отнесена восточносибирская жужелица-бегун Bradycellus glabratus (Rttr.), область распространения которой расположена к востоку от Алтая. Среди бабочек – это большая переливница, желтоватая медведица, дождевая малая пяденица. По характеру широтно-зонального распространения здесь преобладают бореальные и полизональные виды, немногочисленны степные и лесостепные жуки золотистый красотел, жужелица Щеглова, вонючая олёнка. В 2006 г. была встречена одна особь степного вида жужелицы Harpalus terrestris Motsch.
Особое своеобразие фауне изучаемого района придают находки аркто-альпийских видов жесткокрылых, связанных с гольцами или болотами, имеющих реликтовый характер. К ним можно отнести жужелиц птеростиха канинского, найденного на горе Большой Сутук, и простого быстряка, отмеченного на небольшом осоково-сфагновом болоте. Интересны виды с сезонными миграциями – это бабочки адмирал, репейница, альпийская белянка.
Самыми массовыми видами насекомых в почве и на её поверхности являются муравьи рыжий лесной, северный лесной и рыжая мирмика; жужелицы: многоямчатый птеростих, лесной канавочник, лесной моховик; а также ребристый мертвоед, обыкновенный могильщик, лесной навозник; стафилиниды подсемейства Aleocharinae: Atheta fungi Grav., Geostiba circellaris Grav., а также Philonthus decorus (Grav.), Zyras humeralis (Grav.); лейодиды Leiodes obesa (Schmidt.), Catops nigrita Er. Достаточно обычны в этом ярусе жужелицы: двупятнистый большеглаз, ржавая жужелица, гладкая жужелица, уренгайский птеростих, обыкновенный птеростих, тёмный быстряк; мертвоеды красногрудый и трехреберный и многие виды стафилинид.
Богат и разнообразен комплекс насекомых, разрушающих ослабленные и выпавшие деревья. Самыми распространёнными из них являются жуки короед типограф, чернобурый лубоед, обыкновенный гравёр, короед валёжный, ребристый усач-рагий, еловый блестящегрудый усач, зеленая лептура, хвойный, большой сосновый и лиственничный долгоносики. Ветровал 1995 г. и пожары 1998 и 2010 гг. создали оптимальные условия для жизнедеятельности многих видов этой группы.
Из мицетофильных жуков обычны блестянки Сychramus variegatus (Hbst.), грибовик Dacne bipustulata Thunbg.
К категории очень редких относятся 14 видов, а 13 видов – к чрезвычайно редким: береговая ласточка, речная крачка, жёлтая трясогузка, полевой воробей, малая мухоловка, хохлатая чернеть, болотная сова, сойка, тетеревятник, воронок, галка, свиязь, перепелятник, беркут, галстучник, длиннохвостая неясыть, серый журавль, шилохвость, обыкновенный гоголь, серая утка, белоспинный дятел, чёрный коршун, большой крохаль, серая цапля, белокрылая крачка, травник, болотный лунь.
Вероятность гнездования предполагается для 9 видов: серой цапли, серой утки, большого крохаля, обыкновенного осоеда, фифи, филина, свиристеля, пеночки-трещотки и синехвостки. Значительное количество видов (29) более или менее регулярно регистрируются на миграции: черношейная поганка, большая выпь, серый гусь, лебедь-кликун, свиязь, шилохвость, широконоска, хохлатая чернеть, скопа, зимняк, большой подорлик, орлан-белохвост, балобан, турухтан, большой кроншнеп, белая сова, рогатый жаворонок, краснозобый конёк, галка, грач, оляпка, обыкновенный соловей, коноплянка, длиннохвостая чечевица, обыкновенный дубонос, белошапочная овсянка, овсянка-крошка, подорожник и пуночка. С учётом архивных и литературных данных зимняя фауна птиц насчитывает 44 вида.
По данным Е. Г. Ларина
Типичные виды птиц заповедника и охранной зоны
Группа хищных животных представлена 13 видами, распространение и численность которых непосредственно связаны с кормовой базой. Так, численность волка тесно связана с поголовьем лося, и, если бы не значительные усилия по уничтожению хищника на прилегающих территориях, это, пожалуй, могло бы стать фактором, сокращающим численность лося на охраняемой территории.