Растительность и почвы

Почвы
Основным типом почв в горной части заповедника являются горные лесные кислые неоподзоленные каменистые (бурые горно-лесные), в равнинной части – дерново-подзолистые, дерновые, а в депрессиях, сограх, где идёт эвтрофное заболачивание, – торфянистые. Почвы лугов относятся к вторично одернованным бурым лесным.
Флора
Флору заповедника составляют различные виды растений и грибов:
572
вида агарикоидных базидимицетов
241
вид афиллофороидных базидиомицетов
26
видов аскомицетов
74
вида миксомицетов
234
вида лишайников
147
видов мохообразных
506
видов сосудистых растений
Леса в заповеднике
Большинство видов флоры сосудистых растений относится к комплексу бореальных видов, среди которых интересна прежде всего группа таёжного мелкотравья, детерминирующая класс бореальных лесов заповедника: кислица  обыкновенная, майник двулистный, седмичник европейский, ожика волосистая и другие виды.

Интересной особенностью заповедника является то, что его территория входит в зону гибридизации елей – сибирской и европейской, а также находится на юго-западной границе сплошного распространения сосны сибирской (кедра). Сохранившиеся в зоне температурного оптимума липа и ильм, остатки третичных неморальных лесов, находятся здесь на высотно-поясном и широтно-зональном пределе своего ареала. Вместе с этими древесными породами несомненный интерес представляет группа травянистых неморальных реликтов, детерминантов класса неморальных темнохвойных лесов, в числе которых медуница неясная, копытень европейский, щитовник мужской, чина весенняя и другие виды, в настоящее время характерных для европейских широколиственных лесов. Экотопы с несколько более низкой теплообеспеченностью, устойчивым проточным увлажнением, высокой влажностью воздуха и слабо промерзаемыми почвами индицирует группа неморально-бореальных (субнеморальных) видов: жимолость лесная, волчник обыкновенный, кочедыжник женский, бор развесистый и другие виды.

Важной эколого-географической группой является группа умеренно-бореального лугово-лесного высокотравья, генетически связанная с субальпийскими лугами и редколесьями: вейник тростниковидный, борец северный, колокольчик широколистный, чина Гмелина и другие виды.
Преобладающим типом растительности являются леса, занимающие 87% площади заповедника (по данным лесоустройства 2000 года). Территория лежит в пределах одного горно-таёжного пояса, разделяющегося из-за температурных инверсий на два подпояса: нижний – более холодный умеренно-бореальных темнохвойных лесов, верхний – неморальных и субнеморальных лесов.

Коренными являются пихтово-еловые леса, сохранившиеся на склонах гор Большой и Малый Сутук, Долгая, Кулига. После катастрофического ветровала 1995 года и двух обширных пожаров 1998 и 2010 годов коренные леса сохранились на очень небольшой площади – около 1500 гектаров. В настоящее время на территории заповедника господствуют мелколиственно-хвойные насаждения из ели сибирской, пихты сибирской, берёзы пушистой и берёзы повислой, находящиеся на разных стадиях восстановительных сукцессий. В горной части заповедника в лесах в качестве примеси присутствует сосна сибирская. Сосна обыкновенная растёт как сопутствующая порода в местах старых гарей, а также в виде искусственных посадок на западной границе заповедника. Лиственница сибирская встречается одиночно в разных частях заповедника и практически не возобновляется. Осина представлена небольшими контурами старовозрастных лесов на месте вырубок и пожаров и как примесь в производных насаждениях. Липа присутствует в основном в виде подлеска в наиболее теплообеспеченных местообитаниях.
Луга заповедника, площадью 240 гектаров (менее 1% территории) в большинстве своём являются вторичными, послелесными. Они созданы трудом местного населения на месте лесов, сведённых под покосы и пашни. Наиболее старые луга имеют возраст около 300 лет. Первичными можно считать небольшие поляны на склонах горе Большой Сутук с горцем альпийским и вейником тростниковидным, а также таволговые и таволгово-вейниковые луга на прирусловых валах реки Сулём, канареечниковые луга на её островах.